課程結構
在碩士班的課程中規劃了四門必修課程，共18學分，分別是《分子生物學原理與技術》(4學分)、《生物技術》(4學分)、《專題討論》(一、二，各2學分)與《碩士畢業論文》(6學分)。各必修科目與核心能力之間的對應關係如下。
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科目
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核心能力
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分子生物學原理與技術(碩一上)
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嫻熟生物技術研發試驗的方法與技能
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實驗設計的能力
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生物技術(碩一下)
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熟稔生物科技的基礎學理與發展案例
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專題討論
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口語表達的能力
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資料檢索的能力
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數據分析的能力
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碩士畢業論文
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實驗設計的能力
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試驗操作的能力
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資料檢索的能力
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數據分析的能力
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口語表達的能力
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撰寫研究報告的能力
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在選修課程的規劃上依循教師專長與達成教育目標之需求規劃了多元的科目，依性質之不同可大略區分為六大課群，其中部份課程由外系所開設。所有必、選修科目之教學大綱(含課程簡述、授課內容、教學目標與對應之核心能力等資料)置於本校的教務資訊系統(https://onepiece.nchu.edu.tw/cofsys/plsql/crseqry_home_now)
生技所選修課程科目分類表：
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課群
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科目
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病原與寄主關係
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分子病毒學、細菌分子遺傳學 、植物-病毒-媒介昆蟲之交互關係
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植物分子生物學
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植物基因體學、分子發育生物學
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基礎知識與技術平台
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分子生物學技術(含實驗)、生物資訊學導論、核酸結構與功能、生化工程導論、生物反應器、植物基因選殖技術等
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科技新知(文獻選讀)
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生物資訊 、動物疫苗、病毒學、核酸學、細菌學、酵素工程、基因工程、植物分子生物學、中草藥分子機制
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實務管理或操作
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精釀啤酒釀造
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寫作技巧
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科技英語—口頭研究發表(新開課程)
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畢業條件
碩士班
修業年限：1-4年，不含休學2年
應修學分：30
必修18 (含6學分畢業論文) 選修12學分
必修
分子生物學原理與技術(4學分)
生物技術(4學分)
專題討論(一)(2學分)
專題討論(二)(2學分)
碩士論文(6學分)
碩士學位考試（論文考試）：
研究生修完最低修業年限且修畢規定課程及學分，並完成研究論文初稿者，得於當學期完成註冊選課後，於預定舉行論文考試日期至少二十天前，提出論文考試申請。論文考試成績以70分為及格。
「專題討論」分專題討論(1)、專題討論(2)皆為必修課，需修習四次(不分名稱)即可。
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